Шаблон с темплейт-монстров следует открыть в Adobe Flash и доработать сайт таким образом, чтобы выводимые данные были динамическими и формировались на основе поступающей из CMS информации. Волшебным образом куда то закачать шаблон, чтобы он сам вдруг подключился не получится.
Автоматизация флеш-сайта при подключении к CMS в любом случае даёт бонусы при подключении к любой другой CMS, но вам придется провести дополнительную работу по изменению формата передачи данных. Кроме того, вам потребуется купить платную лицензию на Bitrix и доплатить её переделку для вывода данных в пригодном для флеш формате. В общем, это можно, но не имеет смысла. Изначально сделать флеш-сайт с использованием Qubix проще и дешевле.